Sant Miquel de Cuixà és un monument excepcional en el qual podem llegir el pas de l’art preomànic al romànic en l’espai d’una generació.
De lluny ja es pot admirar el campanar romànic del s. 11, format per quatre pisos. La seva decoració de bandes amb arcuacions llombardes és una de les característiques del primer art romànic, juntament amb el ritme de les obertures i la silueta que li donen. Aquestes característiques es retroben en les construccions d’Itàlia del Nord de la mateixa època, cosa que fa suposar una influència entre les dues regions.
Actualment la visita de Cuixà comença per la cripta. Tan secreta com una cova, l’església de la Mare de Déu del Pessebre invita a la meditació al voltant del pilar central de set metres de circumferència sobre el que descansa la volta anul·lar de mitja volta. La generalització de les voltes en l’arquitectura és també una de les característiques del primer art romànic del s. 11. Aquesta volta ha estat ha estat feta sobre encofrat de fusta l’emprempta de la qual encara és visible en el morter de calç. Fou l’abat Oliba el qui va dreçar entre 1010 i 1040 les dues torres campanars i el conjunt occidental format per dues esglésies sobreposades, davant mateix de la porta occidental de l’església del segle 10. Al voltant de la cripta del Pessebre hi ha uns espais coberts amb volta de la mateixa època, aquests sostenen l’atri que separava l’església superior, dedicada a la Trinitat, ara destruïda, i l’església preromànica de sant Miquel.
Entrem a l’església des del claustre. L’església de sant Miquel, preromànica, és una basílica gran construïda entre 956 i
974 pels abats Pons i Garí. La seva ambició és la d’imitar les grans esglésies de Roma, amb la seva llarga nau i el seu transsepte molt important. La capçalera està formada per un gran absis quadrat i dues absidioles circulars obertes sobre els braços del transsepte. Aquesta immensa construcció, d’origen no tenia volta, sinó que estava coberta amb encavallades de fusta.
El que més la caracteritza és el fet de conservar els arcs ultrapassats o de ferradura, és a dir que tenen una corba que és més gran que la meitat del cercle. Aquesta forma la trobem sobretot en el transsepte, ja que els arcs de la nau van ser eixamplats al segle 16 quan van modernitzar l’església. Els arc ultrapassats són una herència de l’Antiguitat tardana, les tècniques de construcció de la qual van perdurar més o menys fins a l’època visigòtica. La civilització àrab i musulmana també es va inspirar en aquestes formes, fet que durant molt de temps ha fet creure que sant Miquel de Cuixà era una església mossàrab, influenciada per l’art musulmà. Però quan va ser construïda, els àrabs feia segles que eren fora de la regió.
L’església, té els angles i els pilars del transsepte construïts amb carreus ben tallats, sovint aprofitats; en canvi els murs son construïts amb pedres no retocades i irregulars. Aquesta tècnica de construcció contrasta amb la del primer romànic del segle 11, en què les pedres, sense ser ben tallades, estan un xic treballades, ben arrenglerades i totes d’un mateix format.
Les dues seccions de la volta del cor van ser dotades amb cobertures ojivals al segle 14 després d’un incendi. La major part de la coberta de la nau és moderna, reconstruïda després de 1950.
Al segle 11 l’església va ser modificada en tres punts: 1) es van cobrir amb voltes les naus laterals. 2) Es van construir les dues torres campanars al damunt de les extremitats del transsepte (la torre dels costat nord es va esfondrar l’any 1838). 3) Es crea una mena de deambulatori entorn de la capçalera rectangular del s. 10, i s’i construeixen tres absidioles més.
Sortim de l’església cap al claustre, aquest reconstruït entre els anys 1949 i 1955 amb les arcades, capitells i columnes que es trobaven a Prades o en cases particulars. D’origen, el claustre formava un quadrilàter tancat, entorn del qual es distribuïen els edificis conventuals: refectori, dormitori, sala capitular, església. Fora d’aquest darrer, tots els altres han desaparegut o gairebé, després de 1789. El claustre en allò en què el coneixem és obra de l’abat Gregori, fet en el segon quart del segle 12. Indica el renaixement de l’escultura romànica d’aquesta regió i inaugura l’us del marbre.
L’ornamentació dels capitells sorprèn per l’absència de temes narratius d’inspiració bíblica o religiosa. La inspiració és essencialment simbòlica, amb bestiari fantàstic, amb lleons i simis, monstres i elements vegetals.
Quan es tornà a muntar el claustre s’hi van integrar alguns capitells provinents de la tribuna construïda a l’interior de l’Església per tal de delimitar l’espai reservat als monjos; desmuntada al segle 16, algunes peces foren reutilitzades en diferents parts de l’abadia, abans de ser dispersades al segle 19. A l’angle isolat del Nord-Est hi trobem temes més narratius com el Crist majestat, un àngel barbut, serafins. La porta actual d’entrada a l’església està decorada amb un arc de façana de l’antiga tribuna, on podem veure-hi el lleó de sant Marc (a l’esquerra) i el toro de sant Lluc (a la dreta) i tot el repertori decoratiu de l’art romànic del segle 12.